目前日本保有2架747-400做為天皇與首相出訪國外時所使用的政府行政座機（ 英文代號便是「Japanese Air Force One/Two」），它們都是1991年交機，1993年加入服役，服務迄今已有23年。日本當年投入360億日圓的預算來採購兩架，主要為因應突發狀況，一般出訪行程，兩架747都會同時派出，一架做為預備機。如果天皇和首相同時都要出訪，天皇優先，而且一定要有預備機，此時首相只有去搭日航特別專機。如果是其他皇室成員，那就各用一架，此時不會有預備機。另外若碰上特別任務如出兵或撤僑等，這兩架飛機也會派上用場。
如今隨著這兩架747的機齡老化和省油性能每下愈況，日本政府早在2014年便在波音和空中巴士之間尋覓後繼機型，此時預算已高達1355億日圓。同年日本決定拉下空中巴士A350-900，以兩架波音777-300ER做為後繼機，預定2019年服役（第一架已在2016年7月首飛），未來該機的相關保養和一些對外事務（如停靠外站的相關對應）也將由目前的JAL日航轉到ANA全日空。這兩架747就服務到2018年為止。如果讀者想看到日本這兩架行政座機，可能到北海道比較有機會，它們所隸屬的防衛廳特別航空輸送隊之701飛行隊的駐地便是北海道的千歲基地。
